thumb|270px|Struktura dimeru EcoRII EcoRII (wym. [eko er dwa]) – endonukleaza wyizolowana ze szczepu R245 pałeczki okrężnicy, gdzie jest składnikiem układu modyfikacji restrykcyjnych. Ma masę cząsteczkową 42,5 kDa i zbudowana jest z 402 aminokwasów.
Mechanizm działania EcoRII jest endonukleazą restrykcyjną typu IIE, oddziałującą z dwiema lub trzema kopiami pseudopalindromowej sekwencji dwuniciowego DNA, gdzie jedna z nich jest substratem cięcia, a pozostała (pozostałe) służy jako aktywator allosteryczny. Przy cięciu DNA enzym tworzy końce lepkie. Rozpoznawana i cięta jest sekwencja 5'-NN▼CCWGGNN-3' (nić komplementarna 3'-NNGGWCC▲NN-5', gdzie W to A lub T, a N oznacza dowolny nukleotyd).
Struktura Na podstawie badań rentgenograficznych poznana została struktura enzymu z rozdzielczością 2,1 Å. Monomer enzymu zawiera dwie domeny: N-końcową i C-końcową połączone rejonem zawiasowym w postaci pętli.
Domena wiążąca efektor N-końcowa domena wiążąca sekwencje efektorowe (aktywatorowe) ma archetypowy motyw pseudobaryłki z wyraźną bruzdą. Symulacje przestrzenne wykazały, że jest to motyw ewolucyjnie spokrewniony z: wiążącą DNA domeną B3 obecną w czynnikach transkrypcyjnych roślin wyższych C-końcową domeną endonukleazy restrykcyjnej BfiI.
Domena katalityczna C-końcowa domena ma zgięcie typowe dla endonukleaz restrykcyjnych i należy do dużej (ponad 30 członków) superrodziny domen katalitycznych tych enzymów.
Mechanizm autoihnibicji Dopasowania strukturalne i mutageneza ukierunkowana pozwoliły zidentyfikować w dimerze enzymatycznym domniemane miejsce aktywne z motywem PD..D/EXK. Domena katalityczna w nieaktywnym enzymie (z niezwiązanym DNA) jest przestrzennie zablokowana przez domeny N-końcowe.
Przypisy
Kategoria:Enzymy restrykcyjne