FastPCR – pakiet zintegrowanych narzędzi bioinformatycznych wykorzystywanych do projektowania starterów RNA, sond molekularnych oraz oligonukleotydów używanych do łączenia fragmentów DNA w metodzie . Program pozwala także na przeprowadzanie i analizę sekwencji, w tym ich dopasowania oraz wyszukiwanie różnych typów elementów repetytywnych.
Podstawowe cechy programu FastPCR jest przeznaczony do analizy sekwencji kwasów nukleinowych oraz projektowania starterów i sond molekularnych wykorzystywanych w szeregu technik biologii molekularnej. Dotyczy to różnych modyfikacji techniki PCR (, , , real-time PCR, (PCA)), jak i technik bazujących na sondach molekularnych, w tym w doświadczeniach z mikromacierzami oraz sond typu molecular beacon.
Sekwencja zaprojektowanych oligonukleotydów sprawdzana jest pod kątem temperatury topnienia oraz skłonności do tworzenia struktur drugorzędowych typu spinki do włosów, dimerów i G-kwadrupleksów. W przypadku dłuższych oligonukleotydów możliwe jest sprawdzenie złożoności językowej (ang. linguistic sequence complexity). Temperatura topnienia obliczana jest według metody najbliższego sąsiada. Opcja in silico PCR pozwala przewidywać możliwość powstania niespecyficznych produktów PCR, przewidywać potencjalne miejsca przyłączenia sond oraz opracować optymalną temperaturę annealingu w reakcji PCR. FastPCR umożliwia identyfikację różnych typów elementów repetytywnych, w tym powtórzeń prostych i odwróconych, obecności elementów strukturalnych transpozonów, takich jak i TIR, a także obecność "samosterujących" endonukleaz (ang. homing endonuclease). Program pozwala na analizę sekwencji pod kątem procentowej zawartości par GC w stosunku do par AT, oraz modyfikacji tego parametru w postaci proporcji par AT względem par GT, proporcji puryn względem pirymidyn, lub pirymidyn względem puryn. Dostępne opcje uwzględniają także analizę złożoności językowej, analizę obecności miejsc restrykcyjnych oraz tworzenie losowych sekwencji.
Bibliografia
Linki zewnętrzne FastPCR – strona oficjalna
Kategoria:Oprogramowanie bioinformatyczne