Różne systemy operacyjne korzystają z różnych systemów plików. Wynika to z ich budowy i ich wymagań dotyczących plików i ich atrybutów.
Atrybutem - nazywany cechę pliku. Atrybutem może być: nazwa, długość, właściciel pliku, data utworzenia i/lub ostatniej modyfikacji, ... i tak dalej.
Np.: systemy operacyjne z rodziny UNIX od podstaw zostały zaprojektowane do obsługi wielu użytkowników, więc wymagają systemu plików, który w ogóle rozróżnia różnych użytkowników. Takim systemem plików nie jest system FAT, który został zaprojektowany na potrzeby systemów operacyjnych MS-DOS i starszych wersji Windows, w których to mamy tylko jednego użytkownika.
W zależności od systemu plików, na pliki mogą być nakładane ograniczenia (prawa) co do niektórych operacji na plikach. Dla systemów z rodziny GNU/Linux i Unix są to prawo do: czytania z pliku, zapisu do pliku, wykonywania pliku (uruchamiania programu) Prawa te są przypisane do każdej z trzech grup, jako prawa dla właściciela pliku (owner), prawa dla grupy, do której należy właściciel (group), prawa dla innych użytkowników (others).
Dla systemów z rodziny Windows pracujących na systemie plików NTFS prawa na plików są opisane jako prawo do: czytania z pliku, zapisu do pliku, czytania i wykonywania, modyfikacji, pełna kontrola Prawa te są przypisane do użytkownika komputera (domeny), a system praw jest herarchiczny. Zaznaczyć trzeba, że dla systemu plików FAT prawa te nie są wbudowane w system plików i system operacyjny nie jest w stanie ich obsłużyć.
Stosowanie systemu praw i atrybutów dla plików ma z założenia podnosić bezpieczeństwo danych, i to zarówno poprzez kontrolę dostępu do plików, jak i stosowanie mechanizmów zabezpieczających poprawność zapisu na dysk.