W roku 1644 ukończone zostało prezbiterium, dwie kaplice, kopuła oraz część transeptu. Zanotowano, że biskup Balaguer odwiedził w tym roku parafię powtórnie. W roku 1654 ukończony został pierwszy, poświęcony św. Łukaszowi, ołtarz w pasie po lewej stronie. Nazwa miejscowości (Luqa) pochodzi właśnie od imienia Łukasz w języku maltańskim.
W 1655 Stefano Erardi namalował obraz Narodzenie Jezusa. W 1665 budynek kościoła został prawie ukończony, choć brakowało jeszcze rzeźb oraz dzwonnic. Organy zainstalowano w 1667. W 1669 Mattia Preti namalował dla kościoła obraz Wniebowzięcie NMP; w 1687 ten sam artysta wykonał nowy obraz tytularny dla kościoła, przedstawiający Męczeństwo św. Andrzeja.
thumb|right|200px|Kościół św. Andrzeja widziany z głębi Triq Dun Pawl thumb|left|200px W 1691 prezbiterium kościoła otrzymało barokowy wygląd. Prace, prowadzone są przez Giuseppe Casanovę, trwały przez następny rok. Dwie dzwonnice, do projektu Lorenzo Gafy, powstały w 1699. W 1757 ukończona zostaje ambona w kościele. Została wyrzeźbiona w drewnie przez Pietru Salibę. W 1779 Giuseppe Scolaro wykonał z drewna tytularną statuę św. Andrzeja.