Jego uczniami byli tam między innymi Richard Mead i George Cheyne. Prowadził starania o powołanie na Uniwersytecie Edynburskim wydziału lekarskiego.
Pitcairne pozostawał pod wpływem poglądów Newtona, szczególnie wyrażonych w dziele Principia Mathematica. W latach 1683–1689 zaczął propagować nowe, matematyczne podejście do zagadnień fizjologii człowieka. Także pod wpływem Newtona starał się tłumaczyć czynności organizmu ludzkiego w kategoriach przepływu płynów ustrojowych. thumb|150px|Opuscula medica, 1716 W leczeniu suchot Pitcairne przepisywał kalomel (chlorek rtęci), wywary z kolcorośla i stosował lewatywy.
W 1694 roku podjął wykłady z dziedziny anatomii. Uzyskał zgodę rady miasta na badania anatomiczne tych zmarłych, których ciała nie były zabierane przez rodzinę i byłyby grzebane na koszt miasta. Ta propozycja spotkała się początkowo ze sprzeciwem naczelnego chirurga Edynburga. Można uznać, że zgoda władz miejskich dała podstawy do rozwoju szkoły medycznej w Edynburgu, a Pitcairne został członkiem w 1701 roku. Był więc jednocześnie członkiem Towarzystwa Lekarzy i Towarzystwa Chirurgów, co nie zdarzyło się ponownie przez następne sto lat.