O godzinie 3:00 Krüger przyjechał po trzech mężczyzn, którzy wciąż przebywali na posterunku w Brodach. Zawiózł ich furmanką do Boru Kunowskiego, gdzie rozkazał sołtysowi i podsołtysowi dobrać sobie pomocników, a następnie odprowadzić do Brodów bydło zabrane wymordowanym rodzinom Góreckich i Skrzydłów oraz ze spalonych gospodarstw Sajurowej i Pastuszki.
W trakcie pacyfikacji zamordowano 43 Polaków, w tym dwudziestu siedmiu mężczyzn, siedem kobiet i dziewięcioro dzieci do 15. roku życia. Udało się ustalić nazwiska 42 ofiar. Najmłodsza liczyła 1 rok, najstarsza 61 lat. 21 mężczyzn zostało zastrzelonych, pozostałych sześciu, jak też wszystkie kobiety i dzieci, spalono żywcem. 39 ofiar było mieszkańcami Boru Kunowskiego. Spoza wsi pochodziło trzech spalonych w stodole junaków, a także Jan Karwacki – mieszkaniec Brodów, który odwiedzał swą zamieszkałą w Borze narzeczoną. Spalone zostały dwa gospodarstwa. Niemcy zrabowali 10 sztuk bydła.
Zbrodni dokonali policjanci z III batalionu 17. pułku policji SS oraz żandarmi z posterunku w Iłży. Nieznanym z nazwiska oficerem, który wraz z Krügerem kierował pacyfikacją, był prawdopodobnie płk Kühnz – dowódca Einsatzstabu w Kielcach. Za udział w zwycięskiej „akcji przeciw bandytom” w Borze Kunowskim przedstawiono do odznaczenia ppor. Adalberta Mayera z 17.