Po kilku wczesnych zgonach wśród uczestników, oba okręty zostały zatrzymane przez lód w Cieśninie Wiktorii, w pobliżu Wyspy Króla Williama w kanadyjskiej Arktyce. Wszyscy członkowie wyprawy, 129 osób, w tym Franklin, zaginęli.
Naciski żony Franklina, lady Jane Franklin, i innych osób na Admiralicję sprawiły, że w 1848 roku rozpoczęto poszukiwania zaginionej wyprawy. Częściowo dzięki sławie Franklina i nagrodzie wyznaczonej przez Admiralicję, wielu kolejnych badaczy dołączyło do poszukiwań, w których w 1850 roku brało udział aż jedenaście statków brytyjskich i dwa amerykańskie. Kilka spośród tych jednostek spotkało się na wschodnim wybrzeżu wyspy Beechey, gdzie znaleziono pierwsze ślady wyprawy, w tym groby trzech marynarzy. W 1854 roku podróżnik John Rae, podczas prac badawczych w pobliżu kanadyjskiego wybrzeża na południowy wschód od Wyspy Króla Williama, uzyskał od miejscowych Inuitów przedmioty należące do członków wyprawy i opowieści o ich losie. Grupa poszukiwawcza Francisa Leopolda McClintocka w 1859 roku znalazła notatkę, pozostawioną na Wyspie Króla Williama, zawierającą szczegółowe informacje na temat wyprawy. Poszukiwania zaginionych i ich śladów trwały przez większą część drugiej połowy XIX wieku.