W 2001 roku podejście Hamera zostało zweryfikowane negatywnie przez organizację Schweizerische Studiengruppe für Komplementäre und Alternative Methoden bei Krebs na podstawie przypadków pacjentów Hamera, ze względu na zalecenia rezygnacji z terapii medycznych.
W 1995 roku Hamer wyznał publicznie pogląd, że AIDS nie istnieje i jest wynikiem spisku, do tego publicznie podważał sens szczepień uznając, że jest to sposób znakowania (chipowania) ludzi przez tajną organizację.
Był wielokrotnie oskarżany i sądzony, między innymi za: praktykowanie bez zezwolenia, podawanie się za lekarza po utracie uprawnień, bezpodstawne posługiwanie się tytułem naukowym doktora czy narażenie na niebezpieczeństwo zdrowia pacjentów w tym Olivii Pilhar, której sprawa była szeroko nagłośniona w Austrii.
Do 1995 roku w procesach, w których był oskarżany o udzielanie porad lekarskich bez uprawnień lub podawanie się za lekarza, nie był karany ze względu na chorobę psychiczną i niepoczytalność lub zasądzano leczenie w zakładzie psychiatrycznym. Dopiero na skutek wydarzeń z lipca 1995 roku, a więc po zorganizowaniu wyjazdu Olivii Pilhar do Hiszpanii, mimo przeciwwskazań medycznych i nakłonieniu rodziców Olivii do przerwania leczenia został uznany za osobę groźną, która stosuje metody znane z sekt religijnych.