Działalność jako I Prezes SN Po wyroku TSUE z 15 lipca 2021, który uznał Izbę Dyscyplinarną SN za niespełniającą wymogów niezależnego sądu, Manowska początkowo uchyliła wcześniejsze zarządzenie zawieszające tę Izbę, co zostało skrytykowane przez część środowiska sędziowskiego i prawniczego jako naruszenie orzeczeń TSUE. W sierpniu 2021 wydała dwa zarządzenia częściowo ograniczające działalność Izby, wstrzymując przekazywanie do niej nowych spraw dyscyplinarnych i immunitetowych sędziów. Uzasadniła to potrzebą umożliwienia rządowi przeprowadzenia zmian legislacyjnych. Zarządzenia obowiązywały do 31 stycznia 2022 i nie zostały przedłużone. W późniejszym wywiadzie Manowska przyznała, że zawieszając Izbę działała poza swoimi kompetencjami ustawowymi, ale zrobiła to świadomie dla dobra Polski.
We wrześniu 2024, po zakończeniu kadencji prezesa Izby Pracy i Ubezpieczeń Społecznych SN Piotra Prusinowskiego, Manowska przejęła bezpośrednie kierowanie tą Izbą, powołując się na ogólną kompetencję I Prezesa SN do zarządzania sądem. Manowska wskazywała, że wobec braku kontrasygnaty premiera do decyzji prezydenta o wyznaczeniu p.o. prezesa Izby, musi zapewnić ciągłość funkcjonowania SN.