Obecny kościół XII–XIX wiek W 1105 roku pożar zniszczył pierwotny kościół, po czym został zbudowany drugi, który zachował się do dziś. Pod koniec XII wieku został dedykowany św. Mikołajowi z Miry. Dookreślenie „dei Mendicoli" („Żebraków”) nawiązywało do ludności zamieszkującej to miejsce, składającej się z ludzi biednych – rybaków i ich rodzin. Według innej hipotezy dookreślenie to pochodzi od słowa Mendigola – nazwy wyspy, na której został założony. Kościół został odrestaurowany w latach 1361–1364 i przebudowany w 1553–1580. W latach 1750–1760 zbudowano w fasadzie bocznej nowy, kamienny portal, prawdopodobnie autorstwa architekta Paola Posiego. W trakcie prac renowacyjnych, przeprowadzonych w latach 1896–1898 odsłonięto w ścianie fasady niewielkie biforium, pochodzące z XII-wieku.
XX wiek W 1966 roku Wenecję nawiedziła powódź. W roku następnym brytyjska fundacja Venice in Peril rozpoczęła w kościele prace konserwatorskie. W ich trakcie wymieniono pokrycie dachowe, zabezpieczono budynek przed wilgocią, poddano konserwacji obrazy i krucyfiksy oraz podniesiono posadzkę, która znajdowała się 30 cm poniżej poziomu kanału. W kolejnym etapie prac konserwacyjnych, przeprowadzonych w latach 1972–1980, zainstalowano nowe ogrzewanie i oświetlenie.