Mikroskop konfokalny – nowoczesna odmiana mikroskopu fluorescencyjnego, w którym źródłem światła jest laser. Mikroskop ten umożliwia dokonywanie tzw. przekrojów optycznych preparatu, analizuje bowiem światło pochodzące z jednej jego płaszczyzny, eliminując światło docierające z warstw położonych wyżej lub niżej. Różnica między zwykłymi mikroskopami nawet fluorescencyjnymi polega na tym, że dzięki mikroskopowi konfokalnemu otrzymujemy obraz o lepszej rozdzielczości i kontraście. Dzięki tej metodzie możliwa jest analiza przekrojów optycznych w czasie ciągłym położonych na powierzchni lub w głębi preparatu. Umożliwia to konstrukcję trójwymiarowych obrazów badanych obiektów.
Najogólniej można powiedzieć, że mikroskopia konfokalna polega na detekcji wypromieniowanego światła po wcześniejszej absorpcji przez daną substancję. Światło emitowane charakteryzuje się zawsze większą długością fali w stosunku do światła absorbowanego. Mikroskopia konfokalna opiera się zatem na pomiarze fluorescencji związków chemicznych, (tzw. barwników fluorescencyjnych) wiążących się z pewnymi typami komórek, strukturami subkomórkowymi lub grupami chemicznymi. Do tego rodzaju zabiegów jest stosowanych wiele metod barwienia oraz wiele barwników fluorescencyjnych (tzw.