Prezbiterium W prezbiterium znajduje się ołtarz główny z tabernakulum w formie małej, okrągłej świątyni, dzieło Francesca Lazzari z początku XIX wieku. Po obu stronach tabernakulum stoją marmurowe posągi św. Piotra (z kluczami) i św. Pawła (z mieczem), dłuta Giuseppe Torretta z 1711 roku. Ściany prezbiterium zdobią dwa wielkowymiarowe płótna: Ostatnia Wieczerza pędzla Cesare da Conegliano z 1583 roku i Manna spadająca z nieba, przypisywana warsztatowi Paola Veronese.
Kaplica Eucharystii W kaplicy Eucharystii (cappella dell'Eucarestia), z prawej strony prezbiterium, znajduje się ołtarz z czarnego marmuru, przeniesiony tutaj w 1828 roku z klasztoru Jezuitów. Prawą ścianę zdobią fragmenty XIV-wiecznych fresków z wpływami bizantyńskimi: Zdjęcie Chrystusa z Krzyża i Złożenie Chrystusa do grobu oraz głowa św. Sebastiana, płaskorzeźba Tullia Lombarda z początku XVI wieku.
Kaplica Anioła Stróża Na ołtarzu kaplicy Anioła Stróża (cappella dell'Angelo Custode), z lewej prezbiterium, znajduje się XIV-wieczna grupa rzeźbiarska Madonna między drzewkami, dłuta Niccolò di Lamberti. Obraz ołtarzowy, Anioł Stróż, jest dziełem Francesca Maffei. Na ścianach kaplicy znajdują się XIX-wieczne pomniki nagrobne.