Pochodzenie i ewolucja najstarsze szczątki datowane są na dolny kambr; przodkowie byli prawdopodobnie robakokształtni, mający wtórną jamę ciała (celomę) podzieloną na segmenty; po przejściu do osiadłego trybu życia utraciły symetrię dwuboczną; większość szkarłupni wymarła pod koniec paleozoiku; najstarszą gromadą, która przetrwała z tamtego okresu, są liliowce.
Cechy charakterystyczne wtórna pięciopromienna symetria (ewolucja regresywna); brak głowy u osobników dorosłych; larwy typu dipleuruli (zmodyfikowana trochofora), mają różny wygląd i nazwy, np. u rozgwiazd – , u strzykw – auricularia, u jeżowców – pluteus (zawsze symetria dwuboczna); wewnętrzny szkielet wapienny pochodzenia mezodermalnego, tworzący na powierzchni ciała kolce i igły; układ wodny (ambulakralny), szkielet hydrostatyczny; mają nóżki ambulakralne; układ krwionośny otwarty (zwany hemalnym), brak serca; prymitywny układ nerwowy; rozdzielnopłciowość; brak układu wydalniczego; duża zdolność regeneracji.
Pokrycie ciała Ciało szkarłupni od zewnątrz pokrywa orzęsiony nabłonek komórkowy (syncytialny). Pod nim znajduje się tkanka łączna (dermis). Pod nią często jest warstwa mięśni.