170..
W kwietniu 1918 r. osobiście zdecydował o uwolnieniu wziętego do niewoli Andrieja Szkury – jednego z organizatorów powstania kozackiego przeciwko czerwonym, w zamian za obietnicę utworzenia przez niego oddziału, który mógłby wspólnie z bolszewikami walczyć przeciwko Niemcom. Uwolniony Szkuro praktycznie natychmiast przeszedł na stronę białychP. Kenez, Red Attack..., s. 181..
28 maja 1918 Awtonomow stracił dotychczasowe stanowisko z powodu sporów z cywilnymi przywódcami Kubańsko-Czarnomorskiej Republiki Radzieckiej. Na jego miejsce wybrano Karła Kałnina. W sporze między miejscowym kierownictwem partyjnym a Awtonomowem interweniowały najwyższe partyjne kierownictwo, przenosząc go na stanowisko inspektora oddziałów czerwonych na Kaukazie Północnym. Faktycznie jednak udał się do Moskwy, skąd na prośbę Sergo Ordżonikidzego został skierowany do Władykaukazu. Komisarz spraw wojskowych i morskich Lew Trocki mianował go dowódcą faktycznie nieistniejącej jeszcze armii (12 Armii). Faktycznie Awtonomow dowodził dużo mniejszymi formacjami. Brał udział w walkach czerwonych z Kozakami tereckimi, wspólnie z Ordżonikidze tworzył oddziały złożone z przedstawicieli miejscowych górali (narodów nierosyjskich). Dowodził pociągiem pancernym, następnie oddziałem w walkach nad Terekiem i pod Swiatym Kriestom w styczniu 1919.