po kilku latach był już zniszczony i rozstrojony. W związku z powyższym w 1940 r. przywieziono do świątyni fisharmonię z klasztoru kapucyńskiego przy ul. Loretańskiej w Krakowie. Była ona instrumentem tymczasowym w czasie, gdy pozytyw pozostawał nieczynny. Uruchomiono go dopiero w 1957 r. Wiadomo, że stał na drewnianym chórze muzycznym i nie był wyposażony w dmuchawę elektryczną. W latach 1965–1967 powstał obecny murowany chór muzyczny, na którym nie zainstalowano już starego pozytywu.
Nowe organy zostały zamówione w 1974 roku. Ich budowę podjęła firma Ryszarda Plenikowskiego i Józefa Adamczyka z Kartuz. Ze względów finansowych odrzucono ofertę firmy Józefa Buły z pobliskiej dzielnicy Mydlniki. W 1975 r. jeden z zakonników zakupił w Niemczech Zachodnich silnik elektryczny oraz mieszki, które miały być trwalsze od tych produkowanych w Polsce. Montaż organów rozpoczął się w połowie 1977 roku. Niedługo później, 7 sierpnia tegoż roku, miało miejsce uroczyste pobłogosławienie nowego instrumentu przez ówczesnego prowincjała o. Gracjana Majkę. Koncert inauguracyjny wykonał Mieczysław Tuleja.
Organy były naprawiane w latach: 1995 (firma Andrzeja Buły z Mydlnik), 2014 (Krzysztof Ostrowski ze Stalowej Woli i Albert Kunz z Krakowa) oraz 2016 (firma Adama Olejnika z Głogusza). W 2018 r.