W 1996, trasa RER D została wydłużona na południe, z La Ferte-Alais do Malesherbes. 15 stycznia 1998 z okazji Mistrzostw Świata w Piłce Nożnej 1998 otwarto stację obsługującą Stade de France, Stade de France – Saint-Denis.

Przez dużą liczbę wypadków, ze społecznego i obsługowego punktu widzenia, RER D zyskało określenie „RER poubelle” (fr. „śmieciowy RER”), które często używane jest przez pasażerów, a nawet obsługęFr. Le Journal du Dimanche – Comment améliorer le « RER poubelle », artykuł Antoine’go Debièvre z 12.02.2006. Zarchiwizowany 3 marca 2016 w Wayback Machine.. Utrudnienia występują częstoFr. Observatoire national de la délinquance – Phénomènes de délinquance dans les transports en commun ferrés d’Île-de-France., a niepunktualność jest najwyższa w całej sieci Transilien, wynosząca od 9,9% do 14,1% w latach 1994–1995Fr. STIF – La régularité des modes ferrés.. mały|lewo|Villeneuve – Triage, w czerwcu 2007. Po lewej tor 2M w kierunku Paryż, po prawej tor 1B w kierunku Villeneuve-Saint-Georges, a obok, tor 2B również w kierunku Paryża mały|lewo| Z 20500 na stacji Corbeil-Essonnes, w kwietniu 2007