W kwietniu 2016 roku Scimeca zaczęła chorować, co przeszkadzało parze w letnich przygotowaniach do kolejnego sezonu. Niedługo po ślubie pary w czerwcu 2016 roku Amerykanka szybko traciła na wadze z powodu przewlekłych wymiotów. Jej nagła choroba zmusiła ją do rezygnacji z wyczerpujących treningów, a nawet z jazdy na łyżwach. W sierpniu jej choroba została prawidłowo zdiagnozowana jako rzadkie, zagrażające życiu schorzenie przewodu pokarmowego, które wymagało natychmiastowego przeprowadzenia dwóch operacji. Para zaczęła wracać do regularnych treningów we wrześniu, ale ze względu na trzecią operację Alexy w listopadzie, do rywalizacji wrócili dopiero w styczniu kolejnego roku. Wzięli udział w dwóch docelowych imprezach sezonu, mistrzostwach czterech kontynentów, gdzie zajęli szóste miejsce oraz na mistrzostwach świata, gdzie zajęli miejsce dziesiąte.