W samym mieście nie dochodziło do typowych walk ulicznych. Zdobycie Prudnika opierało się o przejazd radzieckich czołgów na wyznaczone pozycje, a do potyczek dochodziło, gdy czołgi napotykały rozproszone grupy Volkssturmu uzbrojone w Panzerfausty. Na Placu Wolności Niemcom udało się zniszczyć jeden z radzieckich T-34. Piechota nie nadążyła za 61 Brygadą przy ich tempie natarcia, przez co Rosjanie nie mieli możliwości sprawdzania, czy w kamienicach w Prudniku nie ukrywają się niemieccy żołnierze. W raportach sztab 61 Brygady Pancernej zaznaczał, że ich oddziały nie mogły swobodnie krążyć po ulicach z powodu braku wsparcia piechoty.
Niemcy najdłużej utrzymywali południowy skraj miasta. Przez koszary przechodziły dziesiątki niemieckich żołnierzy, którym udało się uciec przed okrążeniem od strony Głogówka, Białej i Racławic Śląskich. Ostatecznie niemieckie siły wycofały się na Kapliczną Górę, gdzie organizowany był punkt oporu. W wyniku sowieckiego ostrzału w prudnickich koszarach zginął Franz Augsberger, dowódca 20 Dywizji Grenadierów SS złożonej z Estończyków, która broniła miasta.