Wybór padł na oblatanego w 1969 roku pasażerskiego Boeinga 747Paweł Henski,Samoloty dnia Apokalipsy, „Lotnictwo Aviation International”, nr 8 (2018), s. 70-75, .
Projekt thumb|left|Boeing E-4 na stanowisku badawczym wpływu impulsu elektromagnetycznego na konstrukcję maszyny Początkowo United States Air Force złożyły zamówienie na dwa samoloty, w lutym 1973 roku przyznano Boeingowi kontrakt na ich budowę. Jednak już w lipcu tego samego roku kontrakt rozszerzono o trzecią maszynę, zaś w grudniu o czwartą. Samoloty otrzymały wojskowe oznaczenie E-4A, a bazą do ich budowy została wersja 747-200B. Prace posuwały się szybko i już 13 czerwca 1973 roku oblatano pierwszy ukończony płatowiec, pozbawiony jednak jeszcze specjalistycznego wyposażenia. Za instalację podstawowych systemów dowodzenia i łączności odpowiadać miała firma E-Systems. Pierwszy ukończony E-4A został przekazany United States Air Force w grudniu 1974 roku. Poszczególne egzemplarze różniły się między sobą. Pierwsze dwa, o numerach seryjnych 73-1676 i 73-1677, napędzane były silnikami Pratt & Whitney JT9D-7R4G2 (oznaczenie wojskowe F105-PW-100), z kolei trzeci (74-0787) i czwarty (75-0125) egzemplarz miały jednostki General Electric CF6-50E2. Czwarta maszyna różniła się również wyposażeniem zamontowanym na swoim pokładzie.