Te sama częstotliwość obsługiwana jest przez dwie anteny kablowe, przeciągnięte pomiędzy środkową częścią krawędzi natarcia statecznika pionowego i dwoma punktami na grzbiecie samolotu. Z racji środowiska, w jakim potencjalnie samolot ma działać, okablowanie samolotu oraz jego systemy pokładowe odporne są na impuls elektromagnetyczny. Z tego powodu, charakterystyczny dla współczesnych samolotów pasażerskich szklany kokpit w E-4B nadal pełen jest mechaniczno-analogowych wskaźników, a wszystkie okna poryte są metaliczną siatką, podobną do tej używanej w kuchenkach mikrofalowych. Maszyna ma ciśnieniową kabinę, której systemy wentylacyjne nie dopuszczają skażonego powietrza do środka. Wnętrze samolotu podzielone jest na trzy pokłady. Najwyższy z nich, mieszczący się w charakterystycznym dla tego typu Boeingów „garbie”, zajmuje kabina załogi. Swoje stanowiska mają tutaj pilot, drugi pilot, inżynier pokładowy i odwrócony tyłem do kierunku lotu nawigator. Ten ostatni ma wydzielone stanowisko. Żadna z cywilnych wersji 747 nie ma tak skonfigurowanej kabiny załogi. Za kokpitem umieszczona jest toaleta, przedział wypoczynkowy z kojami do spania, fotelami i stołem oraz spiralne schody prowadzące na pokład środkowy. Pokład środkowy składa się z kilku części. Pierwsza z nich, umieszczona na dziobie samolotu, tzw.