Kiedy Michael Franciscus Buttigieg został proboszczem w Xagħra, podarował kwotę 2100 scudi na budowę kościoła. Biskup Malty, Publio Maria Sant, przekazał 4731 scudi, zaś kolejne 1000 scudi zostało zebrane. Do 1849 zbudowane zostało prezbiterium, fasada, ściany boczne oraz jedna z dzwonnic. Stary kościół został zburzony 20 listopada 1850, a częściowo postawiony budynek nowego zaczął być wykorzystywany w celach religijnych, będąc poświęconym 10 sierpnia 1851. Z wyjątkiem kopuły, budowa świątyni została zakończona 5 stycznia 1855, zaś pierwszą mszę świętą odprawiono 14 lutego 1855. Całkowity koszt budowy osiągnął kwotę 70 000 scudi, z czego 46 000 stanowiła darmowa praca mieszkańców.
thumb|150px|Fasada bazyliki
Kościół został konsekrowany 26 maja 1878 przez biskupa Gozo, Pietro Pace. Budowę kopuły rozpoczęto 17 maja 1892, zakończono ją 25 października tego samego roku. Budowę nadzorował i prowadził Wiġi Vella z Żebbuġ, a mieszkańcy brali czynny w niej udział.
11 marca 1893 kościół otrzymał status archiprezbiterialnego, zaś 17 marca 1900 został kolegiatą. Tytuł bazyliki uzyskał 26 sierpnia 1967.
Odnowienie kościoła W latach 2000–2003 wykonane zostało kilka prac renowacyjnych kościoła. Obejmowały one prace przy dzwonnicach oraz położenie hydroizolacji na dachu kościoła i kopule.