Wiedza zdobyta podczas pracy nad przejściem od blastocysty do gastruli umożliwiła Magdalenie Żernickiej-Goetz imitowanie tych procesów rozwojowych z różnymi rodzajami komórek macierzystych w metodzie in vitro. Doprowadziło to do pionierskich konstrukcji embrio-podobnych struktur z pluripotencjalnych i multipotencjalnych komórek macierzystych w trójwymiarowym „rusztowaniu” z białek macierzy pozakomórkowej. Te „syntetyczne zarodki” umożliwiają odkrywanie modeli morfogenezy komórek macierzystych w zarodki. Stanowi to duży potencjał do zrozumienia rozwoju komórkowego i dla medycyny regeneracyjnej.
Po odkryciu podczas badań prenatalnych własnej ciąży silnej wady rozwojowej komórek pobranych z łożyska (trisomii chromosomu 2), Magdalena Żernicka-Goetz stworzyła nowy model badawczy i odkryła, że zdrowe komórki mogą wygrywać współzawodnictwo z nieprawidłowymi i to one tworzą tkanki dziecka, a nieprawidłowe mogą wchodzić w skład łożyska. Odkryła także mechanizm takiego zróżnicowania w badaniach prowadzonych na myszach.