W lipcu 1943 po zatrzymaniu Bendiga zbiegł do Grzybna (powiat toruński) i przebywał u rodziny Frąckiewiczów, rękopis wspomnień ukrywając wcześniej w Czernlewie.

W 1945 powrócił do parafii w Nawrze, dodatkowo w lutym 1946 został administratorem w Biskupicach i Przecznie oraz wizytatorem nauki religii w dekanacie chełmżyńskim. Kontynuował też działalność konspiracyjną jako członek kierownictwa Organizacji Polskiej. 17 kwietnia 1946 został zatrzymany przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Toruniu w czasie akcji likwidowania struktur tej organizacji. Oskarżony z artykułu 86 § 2 kodeksu karnego – nielegalne uczestnictwo w szeregach Narodowych Sił Zbrojnych, nie przyznał się do winy i w procesie 29 sierpnia 1946 został uniewinniony przez sąd wojskowy: uwzględniono jego działalność w strukturach społecznych nowego państwa (koło PPS w Biskupicach, Wojewódzka Rada Narodowa w Bydgoszczy) oraz przeszłość obozową. Był jednak nadal inwigilowany za głoszone kazania. Przejścia wojenne i czteromiesięczne śledztwo po wojnie nadszarpnęły jego zdrowie, zmuszony był do odbycia długiej kuracji sanatoryjnej w Zakopanem i przeszedł operację nerek.