Argumenty te zostały zaakceptowane przez sąd krajowy w Monachium, który postanowieniem z 30 stycznia 1964 roku umorzył postępowanie przeciwko Duboisowi i sześciu innym oskarżonym.

Niedługo później ponownie stanął przed sądem, tym razem jako oskarżony w procesie załogi Sobiboru. Akt oskarżenia przeciwko niemu i jedenastu innym esesmanom został wniesiony w czerwcu 1964 roku. Postawiono mu zarzut współudziału zamordowaniu co najmniej 43 tys. Żydów. W trakcie przesłuchań nie zaprzeczył, że uczestniczył w „rozładunku” żydowskich transportów. Przyznał również, że zabrakło mu odwagi, by sprzeciwić się zbrodniczym rozkazom, a ewentualny wyrok skazujący byłby skłonny uznać za sprawiedliwy. Jednocześnie przyjął tę samą linię obrony, co w przypadku procesu załogi Bełżca, utrzymując, że działał pod przymusem. Ocaleni więźniowie złożyli obciążające go zeznania, w oczach sędziów okazały się one jednak niewystarczające, aby udowodnić, że wykazywał się okrucieństwem i inicjatywą wykraczającą poza standardowe wykonywanie rozkazów. Uznano ponadto, że nie można mu udowodnić udziału w egzekucji więźniów Waldkommando w lipcu 1943 roku. Ostatecznie wyrokiem sądu krajowego w Hagen z 20 grudnia 1966 roku został uznany winnym współudziału w zamordowaniu co najmniej 15 tys.