Od 1895 uczył się w niemieckiej szkole realnej – cesarsko-królewskiej Pierwszej Niemieckiej Szkole Państwowej w Pradze (k.k. Erste Deutsche Staatsschule in Prag) – potocznie nazywanej Nikolander-Schule (szkoła mieściła się przy Nikolandergasse); do lat szkolnych nawiązywał też później w swojej twórczości. Ojciec Kischa zmarł w 1901. W 1903 Egon dzięki wsparciu finansowemu matki odbył swoją pierwszą dalszą podróż po Austrii i Bawarii, zapisując swoje wrażenia w prowadzonym dzienniku. W październiku tego samego roku rozpoczął studia na politechnice w Pradze, po jednym semestrze przerwał jednak studia techniczne i w następnym semestrze w 1904 uczęszczał na wykłady z historii literatury niemieckiej i historii filozofii średniowiecznej na niemieckojęzycznym Uniwersytecie im. Karola Ferdynanda w Pradze. W październiku 1904 rozpoczął służbę wojskową. Jako absolwent szkoły realnej mógł odbywać służbę jako tzw. jednoroczny ochotnik, popadał jednak w ciągłe konflikty z przełożonymi (którzy uważali go za anarchistę) i dużą część służby spędził w areszcie;