Według publikacji z 1894 na Tawi-Tawi dzioborożce czarne miały być bardzo liczne i przebywać w dużych stadach. Między 1891 a 1971 nie obserwowano tych ptaków; podejrzewano ich wymarcie. W 1971 okazały się jednak stosunkowo liczne w lasach tworzonych przez dwuskrzydlcowate. W połowie lat 90. XX wieku wyspy Jolo i Sanga-Sanga były całkowicie wylesione. Na Jolo ostatni raz odnotowano dzioborożca czarnego w 1883. W latach 90. XX wieku na Tawi-Tawi dokonano pojedynczych stwierdzeń. Oszacowano wówczas liczebność na niecałe 20 par.
Zagrożeniem dla dzioborożców czarnych jest wycinka lasów, w tym pod plantacje olejowców gwinejskich, kauczukowców, pola uprawne i kopalnie. W pewnym okresie stosunkowo duży odsetek mieszkańców wyspy miał dostęp do broni palnej, co mogło prowadzić do rozwoju kłusownictwa. W archipelagu Sulu brak formalnie wyznaczonych obszarów chronionych. Prowadzenie działań ochronnych utrudnia działalność militarna w rejonie. W styczniu 2012 na Tawi-Tawi dwóch europejskich ornitologów (Szwajcar i Holender) zostało porwanych przez członków terrorystycznej grupy Abu Sajjafa. Mimo ostrzeżeń ministerstwa przybyli na Tawi-Tawi celem sfotografowania dzioborożców czarnych. Jeden z podróżników uciekł w 2014, drugi został zabity w 2019 podczas próby ucieczki w trakcie ataku wojska na kryjówkę terrorystów.