Z woli króla Zygmunta III Wazy został w 1609 roku administratorem mogileńskiego klasztoru, a w 1612 roku rzeczywistym opatem komendatoryjnym. Od tamtego czasu mieszkał głównie w Mogilnie. Oprócz władzy w klasztorze, funkcja opata przekładała się również na sprawy miasta. To dzięki bp Andrzejowi po pożarze miasta w 1608 roku, Mogilno otrzymało nowe przywileje miejskie. Na prośbę mieszkańców bp Andrzej nakazał odbudowę ratusza w Mogilnie wraz z przylegającymi zakładami przemysłowymi oraz wybrane domy miejskie. Nakazał utrzymywać w dobrym stanie ulice oraz dbać o meliorację rzeki Mogilnicy. Określił wybór burmistrza, wójta, ławników i rajców oraz określił system sądowniczy w mieście. Bp Andrzej nie złożył ślubów zakonnych jako benedyktyn, na bieżąco jednak interesował się sprawami klasztoru i starał się wychodzić naprzeciw wszystkim oczekiwaniom, pamiętając zarazem o sprawach archidiecezji gnieźnieńskiej. Za czasów biskupa Andrzeja w archikatedrze gnieźnieńskiej uświetniono Msze święte z udziałem biskupa pomocniczego, zarządzając, aby podczas Mszy św. sprawowanej przez biskupa sufragana asystowało mu zawsze czterech wikariuszy (diakon, subdiakon i dwóch insygniarzy).