Jego autorom, sterowanym przez dyrektora Emmanuela Sieyèsa, a od niedawna również przez generała Bonapartego, niezbędne było wsparcie wojsk stacjonujących w Paryżu. Obawiając się przywiązania obecnego gubernatora do idei republikańskich, zaoferowali mu nowe stanowisko w dowództwie Armii Italii (fr. Armée d’Italie), które przyjął. Po jego ustąpieniu, przychylny przewrotowi generał Lefebvre mianowany został nowym gubernatorem wojskowym Paryża.
Armia Italii mały|upright=0.8|Plan fortyfikacji Genui w 1800 roku
Przed przewrotem 18 brumaire’a (9 listopada 1799 roku), wysłany został jako generał dywizji do Armii Italii, walczącej z korpusem wojsk austriackich na terytorium północnych Włoch. Po śmierci generała Championneta, przejął naczelne zwierzchnictwo nad armią aż do przybycia generała Massény. Dowodził siłami francuskimi stacjonującymi w Savonie, gdzie toczyły się liczne starcia z oddziałami wroga usiłującymi przedostać się do przedmieść Genui, w szczególności w dniach 6 i 13 kwietnia 1800 roku. Wkrótce zachorował i musiał zostać przewieziony na leczenie do Genui.