Przez odwołanie się do tych różnych sposobów gastrulacji tworzy się konkretne teorie integracji, które podzielić można na teorie powstawania pelagicznych oraz bentonicznych form gastruli.
Do teorii pelagicznych form pośrednich zaliczyć można poglądy wskazujące na formę gastruli w postaci gastrei (a więc samą hipotezę Haeckla), fagocyteli i planuli. Teoria gastrei bazuje na gastrulacji przez inwaginację (wpuklenie) z formą pośrednią w postaci depei oraz gastrei jako najbardziej bazalnego przedstawiciela tkankowców.
thumb|Stopień skomplikowania gastruli osiągnęły współczesne parzydełkowce, jak stułbia Teoria fagocytelli sformułowana została przez Miecznikowa. W jej ujęciu gastrulacja przebiegała przez imigrację wielobiegunową, prowadzącą do wypełnienia jamy blastuli luźną tkanką, przez przemieszczenie się komórek z warstwy zewnętrznej. Zaczęły się one różnicować, nabyły wici i możliwości ruchu, dzięki czemu przemieściły się do jamy blastuli, pozostawiając po sobie otwory w warstwie zewnętrznej. Utworzył się organizm zwany fagocytellą. Obecnie gastrulacja przebiega właśnie tak u gąbek i parzydełkowców.