Na podstawie rękopiśmiennej rozprawy Rzecz o systemie bibliograficznym uzyskał 18 stycznia 1868 roku uzyskał habilitację na Wydziale Filozoficznym UJ. Wiedeńskie Ministerstwo Oświaty (14 maja tego roku) zatwierdziło go jako docenta prywatnego w zakresie nauk pomocniczych historii – bibliografii, dyplomatyki, heraldyki i numizmatyki. Prowadził wykłady (1870/71 i 1871/72) dotyczące „nauki dającej poznać źródła historyczne”.
W 1870 roku podjął starania (podaniem z 17 stycznia) o uzyskanie stanowiska profesora nadzwyczajnego UJ. Jednak jego dorobek nie został w pełni pozytywnie oceniony przez Józefa Szujskiego, powołanego na recenzenta przez Wydział Filozoficzny. Wpływ na to miał również fakt, że żadna z opublikowanych prac Franciszka Matejki nie dotyczyła nauk pomocniczych historii (tylko problematyki słowianoznawstwa), a te na które się powoływał w swoich zabiegach o profesurę, pozostawały w rękopisach. Decyzja Ministerstwa Oświaty (4 października 1870), które sprzeciwiło się utworzeniu osobnej katedry bibliografii, definitywnie przekreśliło nadzieje Matejki.