Sławetną utratę oka malarza, będącą przykładem surrealistycznego wątku przypadku obiektywnego, opisuje Pierre Mabille w artykule z 1939 roku opublikowanym w czasopiśmie Minotaur. Autor docieka w nim masochistycznego oczekiwania utraty wzroku jako ekwiwalentu zyskania wglądu wewnętrznego. Poszkodowany, zyskujący później status naznaczonego, wyjątkowego, maluje wcześniej kilka wersji autoportretów bez oka.
W 1939 rozwiódł się z żoną. W 1940 po ataku Niemiec na Francję przeniósł się do Perpignan, a stamtąd do Saint-Feliu d'Amont we wschodnich Pirenejach, w 1941 otrzymał zezwolenie na pobyt w Marsylii, 1942-1944 przebywał w Remollon i Celliers de Rousset, w 1945 wrócił do Paryża. Malował głównie kompozycje figuralne, utrzymane w nastroju sennego koszmaru lub halucynacji, w których obsesyjnie powracają te same motywy: potwory, chimery, dziwaczne twory wyobraźni (m.in. Życie wewnętrzne z 1939, Fascynacja z 1940). Jego obrazy charakteryzują się niemal naturalistyczną formą i ostrym, dysonansowym kolorytem. Podczas II wojny światowej wprowadził technikę malarstwa woskowego, co spowodowało stonowanie i ocieplenie kolorów. Zainspirowany sztuką ludów pierwotnych i średniowiecznych prymitywów, upraszczał motywy figuralne, nadając im znaczenie magicznych znaków i symboli (np. Kamień filozoficzny z 1940, Mity do dyspozycji z 1945).