świątynia miała wszelkie potrzebne wyposażenie, włącznie z kandelabrem i wieczną lampką. Obok był ogrodzony murem cmentarz. Następna wizyta tego biskupa w 1608, oraz biskupa Baldassare Cagliaresa w 1615, pokazały ten sam stan. Był tam nawet wtedy obraz na ołtarzu. W 1636 opiekę nad kaplicą sprawował Bjaġju Saliba, syn Francesca, poprzedniego „kościelnego”. 24 listopada 1658 kościół, razem z dużą liczbą innych wiejskich kościołów, został zdesakralizowany przez biskupa Malty Miguela Balaguera. Po prawie 200 latach, w 1854 świątynia została odbudowana, w zmniejszonych wymiarach, przez Francesco (Ċikku) Grixti, jako spełnienie ślubowania złożonego przez pewną kobietę. Poświęcenie kościoła przez wikariusza generalnego Filippo Amato nastąpiło 27 lutego 1859, podczas wizyty biskupa Gaetano Pace Forno. W roku 1900 dobudowany został portyk, co wyróżniło kościół spośród innych o podobnej wielkości. Podczas II wojny światowej świątynia służyła żołnierzom brytyjskim. W 1952 dobudowana została boczna sala, kościół został ozdobiony, zakupiono Via Crucis oraz nowe szaty liturgiczne. Obraz przedstawiający św. Agatę został odnowiony przez R. Bonnici Cali.