Tomasz (Thomas) Werner (ur. ok. 1430 w Braniewie, zm. 23 grudnia 1498 w Lipsku) – kustosz i kanonik warmiński, profesor Uniwersytetu w Lipsku, bibliofil i fundator.
Życiorys Tomasz Werner urodził się w Braniewie jako jedno z siedmiorga dzieci burmistrza miasta o tym samym imieniu i nazwisku. Matką jego była Katarzyna z domu Trunzmann. Pierwsze nauki pobierał w rodzinnym mieście. Od semestru letniego 1448 roku rozpoczął studia na Uniwersytecie w Lipsku. Już w 1450 uzyskał stopień bakałarza filozofii. W 1453 zmarł mu ojciec, a matka zawarła ponowny związek małżeński z Benedyktem von der Schonenwese. W 1454 uzyskał tytuł magistra na wydziale filozoficznym, z którym pozostał związany przez następne 31 lat. W semestrze letnim roku 1460 uzyskał Tomasz Werner najniższy stopień teologiczny (tytuł ,,kursora”) i po raz pierwszy występuje w źródłach jako wykładowca na wydziale filozoficznym. Od tego roku był członkiem Kolegium Mniejszego w Lipsku. W 1461 piastował po raz pierwszy godność dziekana wydziału filozoficznego. W semestrze zimowym 1464 roku został rektorem Uniwersytetu w Lipsku. Półtora roku przedtem, w semestrze letnim 1463, zdobył następny stopień teologiczny ,,sentencjariusza”. Tomasz Werner był człowiekiem zamożnym. Posiadał w Braniewie 48,5 morgi gruntu.