XX wiek W 1926 roku dzięki staraniom ojca Nicoli Fusconiego odkryto szczątki św. Mikołaja. W 1932 roku zbudowano kryptę, w której złożono ciało świętego, połączone ze Świętymi Ramionami.
XXI wiek Trzęsienie ziemi z 9 listopada 2016 roku wyrządziło ciężkie szkody w kompleksie bazyliki. Uszkodzeń doznały pomieszczenia klasztorne, freski z Wielkiej kaplicy, drewniany strop nawy i apsyda. Po trzęsieniu ziemi podjęto w kompleksie kościelno-klasztornym i przyległych muzeach niezbędne prace naprawcze, których koszt wyniósł około 8 milionów euro. W II połowie 2018 roku otwarto ponownie nawę główną i Kaplicę Świętych Ramion.
Architektura Fasada mały|left|200px|Portal główny Budowa fasady przebiegała etapami. Część dolna została ozdobiona gotyckim portalem, zbudowanym z kamienia istryjskiego w latach 1432–1435 według projektu florenckiego rzeźbiarza Nanniego di Bartolo zwanego Rosso. 5 lutego 1630 roku kamieniarz Florindo Orlandi di Cagli udekorował portal w stylu późnego manieryzmu. Część dolna fasady składa się z pięciu sekcji obramowanych pilastrami w porządku toskańskim, posadowionych na wysokich cokołach i wspierających wyraźnie wystający gzyms, pod którym znajduje się napis z nazwą kościoła. W części środkowej mieści się wspomniany portal główny, który flankują dwa portale boczne, zwieńczone złamanymi tympanonami.