Kaplica św. Anny 240px|mały|Kaplica św. Anny 240px|mały|Kaplica Najświętszego Sakramentu Kaplica św. Anny (Cappella di Sant’Anna) zastąpiła kaplicę Narodzenia Najświętszej Maryi Panny (cappella della Natività della Beata Vergine), zlikwidowaną podczas przebudowy, zrealizowanej przez Carducciego w 1859 roku. W jej ołtarzu znajduje się jedno z najważniejszych dzieł bazyliki, Wizja św. Anny pędzla Giovanniego Francesca Barbieri. Matka Maryi została ukazana w chwili otrzymania od anioła wiadomości o swoim zbliżającym się macierzyństwie. W tle znajduje się jej małżonek, Joachim, składający ofiarę w świątyni.
Kaplice po lewej stronie Kaplica Matki Bożej Cudownej Kaplica Matki Bożej Cudownej (Cappella della Madonna dei Miracoli) jest pierwszą po lewej tronie, licząc od prezbiterium. Obraz ołtarzowy, przedstawiający św. Jana z Sahagún, przywracającego życie młodej dziewczynie, namalował w 1691 roku Giovanni Anastasi, autor fresków w klasztorze. Pierwotnie znajdowała się tutaj Madonna z Dzieciątkiem, czczona jako Matka Boża Cudowna (przechowywana obecnie w Muzeum).
Kaplica św. Ryty Obraz ołtarza kaplicy św.