Najwyższym organem Naczelnej Izby Lekarskiej jest Krajowy Zjazd Lekarzy, natomiast okręgowych izb lekarskich – okręgowe izby lekarzy. W okresie między krajowymi zjazdami lekarzy działalnością Naczelnej Izby Lekarskiej kieruje Naczelna Rada Lekarska, a w okręgowych izbach lekarskich – okręgowe rady lekarskie.
Delegaci na okręgowe zjazdy lekarzy wybierani są w rejonach wyborczych, do których należą wszyscy polscy lekarze i lekarze dentyści. Zjazdy okręgowe wybierają prezesa i członków okręgowej rady lekarskiej, okręgowych rzeczników odpowiedzialności zawodowej, członków sądów lekarskich oraz delegatów na Krajowy Zjazd Lekarzy.
Podczas Krajowego Zjazdu Lekarzy wybierany jest Prezes Naczelnej Rady Lekarskiej, członkowie Naczelnej Rady Lekarskiej, Naczelny Rzecznik Odpowiedzialności Zawodowej i jego zastępcy, członkowie Naczelnego Sądu Lekarskiego, Naczelnej Komisji Rewizyjnej i Krajowej Komisji Wyborczej.