miejscu Bethanie Mattek 3:6, 0:6. Honor uratowała drugim z rzędu ćwierćfinałem Wimbledonu, w którym jednak nie dała rady notowanej na 133. miejscu Zheng Jie. Do końca roku zdołała wygrać już tylko dwa spotkania: w Los Angeles i US Open, ale aż w siedmiu meczach musiała uznać wyższość rywalek. W tym roku Vaidišová wygrała i przegrała po dziewiętnaście spotkań, co znacznie obniżyło jej pozycję rankingową - spadła na 41. miejsce. Ponadto zmagała się z kontuzją nadgarstka.
2009 Sezon 2009 rozpoczęła od porażki w drugiej rundzie w Auckland z Jeleną Wiesniną 4:6, 3:6. Później odpadała w pierwszych meczach w turniejach Hobart, Australian Open i Paryżu. Najdalej zaszła do trzeciej rundy w Indian Wells i Miami (porażki odpowiednio z Jill Craybas 4:6, 3:6 i Swietłaną Kuzniecową 1:6, 4:6). Późniejsze seryjne porażki (drugie rundy na turniejach w Marbelli, Barcelonie, eliminacje w Rzymie, pierwsza runda French Open, eliminacje w Eastburne, pierwsza runda Wimbledonu, w Pradze i Los Angeles), spowodowały, że spadła na 188. miejsce w rankingu i musiała szukać punktów w rozgrywkach Międzynarodowej Federacji Tenisowej.