W 1997 roku międzynarodowe jury pod przewodnictwem prof. Macieja Gintowta rozstrzygnęło konkurs na projekt architektoniczno-artystyczny nowego upamiętnienia. Na konkurs wpłynęło dziewięć prac. Zwycięskim okazał się projekt autorstwa Andrzeja Sołygi, Zdzisława Pidka i Marcina Roszczyka. Projekt budynku muzealnego został natomiast opracowany przez architektów Marka Dunikowskiego, Piotra Uherka, Jarosława Kutniowskiego i Piotra Czerwińskiego.

W latach 1997–2000 na terenie poobozowym były prowadzone badania archeologiczne. Kierował nimi prof. Andrzej Kola z Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Jego zespołowi udało się odnaleźć pozostałości 33 masowych grobów, fundamenty obozowych budynków, a także liczne przedmioty lub fragmenty przedmiotów, które należały do ofiar.

Budowa nowego upamiętnienia rozpoczęła się w 2002 roku. Odpowiedzialność za konstrukcję powierzono prof. Janowi Grabackiemu, natomiast zaplecze merytoryczne dla muzeum zapewniło Państwowe Muzeum na Majdanku. Prace budowlane były prowadzone pod nadzorem rabinackim. Dotychczasowe upamiętnienie uległo likwidacji;