W 1996 roku ukazał się trzeci minialbum pt. Maximum Abduction. Na czteroutworowej płycie znalazła się m.in. interpretacja utworu "Strange Ways" z repertuaru amerykańskiej grupy rockowej Kiss. 13 lutego tego samego roku ukazał się czwarty album zatytułowany Abducted poprzedzony singlem Carved Up. Materiał został zarejestrowany pomiędzy marcem a październikiem 1995 roku w Abyss Studio. W ramach promocji wydawnictwa został zrealizowany teledysk do utworu "Roswell 47". Tego samego roku ukazał się split Hypocrisy / Meshuggah. 11 listopada 1997 roku ukazał się piąty album pt. The Final Chapter promowany teledyskiem do tytułowego utworu. 9 marca również w 1999 roku ukazał się pierwszy album koncertowy Hypocrisy Destroys Wacken wydany także na kasecie VHS. Nagrania zostały zarejestrowane podczas występu na festiwalu Wacken Open Air. Następnie 22 czerwca ukazał się szósty album zatytułowany Hypocrisy. Płyta dotarła do 85. miejsca listy Media Control Charts w Niemczech. 22 sierpnia 2000 roku ukazał się siódmy album pt. Into the Abyss. Również w 2000 roku ukazał się split Hypocrisy z Raise Hell, Kataklysm, Destruction i Crematory pt. Nuclear Blast Festivals 2000. Także w 2001 roku ukazała się pierwsza kompilacja nagrań zespołu pt. 10 Years of Chaos and Confusion oraz pierwsza płyta DVD pt.