Budowę drugiej katedry, tzw. „Hermanowskiej” rozpoczęto pod koniec XI wieku, prawdopodobnie właśnie z fundacji Władysława Hermana. Jej konsekracja nastąpiła w 1142 roku. O budowli tej wiadomo zdecydowanie więcej, choćby ze względu na jej zachowany wizerunek na odcisku pieczęci kapituły krakowskiej z XIII wieku. Także pozostałości są zdecydowanie lepiej zachowane – dolna część Wieży Wikaryjskiej (Srebrnych Dzwonów) oraz w całości trójnawowa krypta św. Leonarda, wsparta na ośmiu kolumnach. W 1118 roku pochowano tam biskupa Maurusa, z którego grobu wyjęto m.in. patenę i kielich. Z tego okresu pochodzą także: Sala o 24 słupach, być może palatium książęce budynek przy Smoczej Jamie (interpretowany ostatnio jako romańska wieża) Kościół św. Gereona, prawdopodobnie kaplica pałacowa Kościół św. Michała (romański) rotunda z emporą przy baszcie Sandomierskiej, być może z 2 połowy XI wieku czworokątna wieża obronna przy „Kurzej Stopie”