Wiadomo jest, że do 1987 Aerofłot użytkował egzemplarze Tu-144 po oficjalnym wycofaniu modelu z użytku.
Ogółem wyprodukowano 16 samolotów: jeden prototyp, jeden przedprodukcyjny, dziewięć Tu-144S oraz pięć Tu-144D.
W 1996 przy współfinansowaniu NASA na bazie Tu-144D (No. 77114) powstała maszyna doświadczalna Tu-144LL, posiadająca silniki Kuzniecow NK-321 z bombowca strategicznego Tu-160. Celem powstania samolotu było stworzenie latającego laboratorium, pozwalającego na badania technologii potrzebnych przy planowanych i realizowanych projektach nowych pasażerskich samolotów naddźwiękowych. Maszyna odbyła kilkadziesiąt lotów, głównie z misjami badawczymi w zakresie materiałoznawstwa. Ostatni lot odbył się 14 kwietnia 1999.
Zachowane egzemplarze Z 16 ukończonych Tu-144 zachowało się osiem. Sześć maszyn (o numerach 68001, 77101, 77103, 77104, 77105, 77113) zostało zezłomowanych. Dwa inne egzemplarze zostały zniszczone w katastrofach (77102 podczas Paris Air Show oraz 77111 podczas testu Tu-144D na trasie Moskwa-Chabarowsk).