Nie zmienił tej sytuacji nawet fakt powstania w 1918 roku państwa Polskiego, bowiem przekazywane przez nowe władze dotacje były niewystarczające.
Pierwsze kolekcje na rzecz Muzeum przekazał dr Tytus Chałubiński, a były to: zbiory skał (1873–1887) i zielnik mchów (ponad 2700 okazów); na rzecz Muzeum przekazała zbiory z lat 1869–1887 (zebrane przez Władysława Kulczyńskiego) Komisja Fizjograficzna AU w Krakowie. Za pośrednictwem dra Chałubińskiego do Muzeum trafiły też pierwsze okazy fauny tatrzańskiej (ok. 400 sztuk) z kolekcji Antoniego Kocyana. Stanisław Drohojowski ofiarował zaś zbiory etnograficzne (1889 r.), które w 1896 roku wzbogacone zostały o przekaz Róży hr. Krasińskiej, w 1906 – o 250 obiektów z kolekcji Zygmunta Gnatowskiego, a w 1921 – o przekaz Marii i Bronisława Dembowskich. Zbiory etnograficzne rozbudowywane były również w związku z działalnością Sekcji Ludoznawczej Towarzystwa Tatrzańskiego.
Dzieje zbiorów sztuki Muzeum Podhalańskiego to również historia biografii artystów, którzy w Zakopanem pomieszkiwali i tworzyli: Wojciech Gerson, Walery Eliasz-Radzikowski, Stanisław Witkiewicz i Witkacy, Władysław Skoczylas, Zofia Stryjeńska, Rafał Malczewski, Wojciech Brzega, Wojciech Weiss, Stanisław Gałek i wielu innych.