Po uzyskaniu suwerenności przez Meksyk na terytorium Chihuahua rozgorzała wojna etniczna pomiędzy "białymi" a indiańskimi plemionami: Komanczów i Apaczów. W wyniku wyjątkowo krwawych starć społeczność indiańska została niemal całkowicie wyparta ze swego terytorium. Po uzyskaniu niepodległości przez Teksas Chihuahua sprzeciwiała się jego przyłączeniu do Stanów Zjednoczonych. Jednak ostatecznie obszar Teksasu traktowany wcześniej jako część Coahuila został oficjalnie anektowany przez USA na mocy postanowień traktatu pokojowego w Guadalupe Hidalgo z 1848 r., który kończył wojnę amerykańsko-meksykańską. W czasie interwencji francuskiej w Meksyku w latach 60. XIX w. gubernator Chihuahua – Luis Terrazas poczynił znaczące przysługi przywódcy obozu liberałów – Benito Juárezowi, który ostatecznie pokonał Francuzów.
W czasie rewolucji meksykańskiej (1910-1920) terytorium stanu było główną areną walk pomiędzy zwalczającymi się stronnictwami. Działał tu m.in. sławny przywódca rewolucyjny – Francisco Villa (zwany Pancho Villą), który domagał się przeprowadzenia reformy rolnej. Po zakończeniu rewolucji Chihuahua stała się głównym zapleczem PRI – partii, która sprawowała nieomalże jednopartyjne rządy w Meksyku przez kilka dekad aż do lat 90. XX wieku.