Kariera trenerska Jeszcze w czasach swojej kariery piłkarskiej Pusineri ukończył kurs trenerski. Był asystentem Claudio Borghiego – swojego byłego trenera z Independiente – w drużynie Argentinos Juniors (2014). Pierwszą samodzielną pracę trenerską podjął w styczniu 2018, obejmując drugoligowy kolumbijski Cúcuta Deportivo, mający aspiracje awansu do najwyższej klasy rozgrywkowej. Na koniec sezonu 2018 w świetnym stylu wygrał z Cúcutą rozgrywki drugoligowe i wywalczył promocję do pierwszej ligi – jego podopieczni w 38 meczach zanotowali 27 zwycięstw, dziewięć remisów i tylko dwie porażki. Szkoleniowiec był bardzo chwalony za umiejętności zarządzania zasobami ludzkimi, zaangażowanie i wymagającą postawę wobec piłkarzy oraz stworzenie świetnej atmosfery w drużynie.
Bezpośrednio po awansie z Cúcutą, w styczniu 2019 Pusineri został trenerem kolumbijskiego potentata – klubu Deportivo Cali. Drużyna dysponowała wąską i niedoświadczoną kadrą, lecz mimo to Argentyńczyk notował z nią bardzo dobre wyniki, plasując się w ścisłej czołówce ligi (kolejno drugie i trzecie miejsce w tabeli) i zakwalifikował się z nią do kontynentalnych rozgrywek Copa Sudamericana. Doszedł również z Deportivo do finału pucharu Kolumbii – Copa Colombia, a także poprowadził ekipę w rozgrywkach Copa Sudamericana 2019 (druga runda).