Został aresztowany za przewóz żywności do Generalnego Gubernatorstwa, niosąc pomoc głodującej Warszawie. Zarząd Oddziału ZBoWiD w Kutnie ustalił w 1967 roku, że Czarneckiego złapano w trakcie przewożenia większej ilości cukru do Kutna z Krośniewic lub Ostrów. W dniu 31 maja 1941 roku, Sąd Specjalny we Włocławku orzekł na posiedzeniu w Kutnie wyrok: "Oskarżony Czarnecki [winien] jednej zbrodni przeciwko Rozporządzeniu o gospodarce wojennej w połączeniu z oszustwem skazany zostaje na śmierć i dożywotnią utratę praw obywatelskich". Na polecenie gauleitera i namiestnika Kraju Warty, Arthura Greisera, egzekucja poprzez powieszenie odbyła się w obecności naczelnych władz miasta Kutna, wysokich funkcjonariuszy nazistowskich i przymusowo spędzonych mieszkańców. Wyrok wykonano na Alter Markt (obecny Plac Wolności), pod kierownictwem szefa kutnowskiego Gestapo, Hauptsturmführera Eduarda Schmidta. Poza Czarneckim, hitlerowcy powiesili również dwóch jego współtowarzyszy, Piotra Sanda (ur. 1899) i Kaliksta Perkowskiego (ur. 1897), także oskarżonych o przemyt mąki i cukru. Ciała zamordowanych odcięto z szubienicy o godzinie 6 wieczorem w związku z planowaną defiladą wojskową, po czym wywieziono w nieznanym kierunku.