Plany na obronę pracy doktorskiej jesienią 1939 przekreślił wybuch II wojny światowej (obroniła ją w 1948Krystyna Musianowicz, Kabłączki skroniowe : próba typologii i chronologii, Światowit : rocznik poświęcony archeologii przeddziejowej i badaniom pierwotnej kultury polskiej i słowiańskiej, 1948/1949, Tom 20.). Od grudnia 1940 do wybuchu powstania warszawskiego uczestniczyła w zajęciach tajnego Uniwersytetu Warszawskiego, a także pracowała w Radzie Głównej Opiekuńczej prowadząc świetlicę dla dzieci. Została aresztowana 9 września 1944 i skierowana do obozu pracy koło Wrocławia, została uwolniona 20 stycznia 1945, skąd przeszła pieszo do Zakopanego, do domu rodzinnego. Do sierpnia 1945 pracowała w zakopiańskiej elektrowni miejskiej jako pomocnik buchaltera, a następnie wróciła do Warszawy, gdzie zgłosiła się do pracy w dziale wczesnego średniowiecza w organizowanym Państwowym Muzeum Archeologicznym. W latach 1945–1947 uczestniczyła w procesie rewindykacji zbiorów rozproszonych na terenach zachodniej Polski, a następnie w ich inwentaryzacji. W 1947 Krystyna Musianowicz przeprowadziła badania reliktów wczesnośredniowiecznej osady w Ściborowie koło Płocka, a rok później cmentarzyska halsztacko-lateńskiego w Kacicach k. Pułtuska, gdzie odkryła 55 grobów jamowych i popielnicowych.