Około roku 1910 młyn zakończył działalność, a jego obiekt został przebudowany. mały|Zeisig M w granicach administracyjnych Prudnika na mapie z 1880 Most nad rzeką Prudnik, łączący Młyn Czyżyka ze śródmieściem, przestał istnieć po 1930, przypuszczalnie zniszczony przez powódź. Właścicielem młyna w latach 30. i 40. XX wieku był Josef Wyrwich – powstaniec śląski, uczestnik bitwy o Górę Świętej Anny. W nocy z 22 na 23 marca 1945 roku w pobliżu Młyna Czyżyka żołnierze Armii Czerwonej zabili dwóch zakonników pobliskiego klasztoru: Jerzego Simona i Wojciecha Mrosika. . mały|upright|Młyn (1978) Josef Wyrwich miał dwóch synów: Józefa i Herberta. 29 lipca 1953 do Młyna Czyżyka przybył Henryk Koj – pochodzący z Łowkowic szpieg Organisation Gehlen, który działał w Prudniku i poszukiwał chętnych do współpracy. Wyrwichowie nie zgodzili się na współpracę ze szpiegiem. Pod koniec września lub na początku października 1954 Wyrwichowie zostali wysiedleni z Młyna Czyżyka przez Urząd Bezpieczeństwa „z powodu bliskości granicy”. Gospodarstwo zostało zajęte przez wojsko, które pilnowało przetrzymywanego w pobliskim klasztorze franciszkanów prymasa Stefana Wyszyńskiego. Rodzina Wyrwichów wróciła do Młyna Czyżyka w 1956.