Pozostając na Ischii z Bakuninem w 1866, Mroczkowski wraz ze swoją obecną partnerką Zoë opracowali francuskie tłumaczenie Katechizmu Rewolucyjnego, tekst założycielski Bakunina dla tajnego „międzynarodowego społeczeństwa rewolucyjnego”, które planowali. Bakunin nazywał Mroczkowskiego zdrobnieniem "Mruk".
Szwajcarskie interludium mały|274x274px|Rewers karty gabinetowej z winietą "W. M. Ostroga" W 1867 postanowili osiedlić się w Szwajcarii. Początkowo przebywali w Vevey, następnie w Genewie. Tam spotkali francuskiego geografa i teoretyka, Élisée Reclus, którego córka później stała się towarzyszką syna Mroczkowskich - Felixa. W 1868, stali się członkami Pierwszej Międzynarodówki, a następnie komitetu centralnego Ligi Pokoju i Wolności. Po schizmie w czasie Konwencji Berneńskiej Mroczkowski i Bakunin utworzyli grupę przeciwną ideologii Karola Marksa.
Mroczkowski był również zaangażowany w opracowywanie planów remontu willi La Baronata położonej nad jeziorem Maggiore, zbudowanej jako miejsce odpoczynku dla Carlo Cafiero, który początkowo „oddał” go Bakuninowi, ale odkrywszy, że jego fortuna ucieka, postanowił go odzyskać.