Gaga opisała tę piosenkę jako „prawdziwy utwór z serca i duszy” oraz podkreśliła jak bardzo Joanne wpłynęła na piosenkarkę i jej rodzinę.
Joanne umarła z powodu komplikacji toczenia w wieku 19 lat. Podczas wywiadu Gaga ujawniła, że komplikacje były spowodowane gwałtem na jej ciotce, co spowodowało jej śmierć. To wydarzenie wpłynęło na rodzinę Germanotta i, według piosenkarki, smutek nigdy ich nie opuścił. Napisanie tej piosenki pomogło ojcowi Gagi w poradzeniu sobie z bólem po utracie siostry. Podczas koncertu w ramach trasy Dive Bar Tour, Gaga wyjaśniła, że pomimo tego, że piosenka jest związana z jej rodziną, chciała żeby każdy komu ktoś bliski umarł, mógł się utożsamić z tą piosenką.
Nagrywanie i kompozycja „Joanne” jest balladą country. W wywiadzie piosenkarka przyznała, że piosenka została nagrana za jednym razem. „Joanne” jest trzecią piosenką z albumu z kolei i jest pierwszą, która spowalnia tempo albumu. Kompozycja jest minimalistyczna z wokalem Gagi na czele i gitarą akustyczną w tle. Wersja gitarowa ma 3 minuty i 16 sekund, zaś pianistyczna ma 4 minuty i 39 sekundy. W obu wersjach słowa piosenki są takie same, tylko wersja pianistyczna kończy się dodatkowymi słowami: „Call me Joanne. xo, Joanne.