Siostry, które w tym sporze wsparły poprzednia przeoryszę, również zostały uwięzione.
Według relacji siostry Marianny Franciszki, podczas pobytu w więzieniu przychodziła do niej Matka Boża, żeby ją pocieszać. Ukazała jej również przyszłość klasztoru oraz Ekwadoru. Podobne objawienia miały też pozostałe uwięzione siostry.
Tymczasem sprawa uwiezienia przeoryszy i innych zakonnic stała się głośna w całym Quito, wywołując oburzenie ludności. Tym większe, że Marianna Franciszka była bardzo szanowana i ceniona przez zwykłych ludzi. Władze kościelne zaczęły się coraz bardziej interesować sprawą. W końcu matka przełożona Magdalena de Jesús Velenzuela zrozumiała niewłaściwość swojego postępowania wobec Marianny Franciszki i popierających ją sióstr. Uwolniła je z zamknięcia i zrezygnowała ze swego urzędu.
W tym samym czasie przybył zbadać sprawę osobiście biskup Quito Luis López de Solis. Zarządził przesłuchania, w czasie których wyszło na jaw, iż siostry zostały fałszywie oskarżone i niesłusznie więzione. Podjął decyzję uwięzienia odpowiedzialną za zamęt – siostrę La Capitanę.
Siostra Marianna Franciszka pełniła swoją posługę aż do śmierci 16 stycznia 1635.